創(chuàng)圣紀(jì)0011年的地球,由于11年前的大異變,人類喪失了2/3的人口。南極冰山溶化,1萬2千年前滅亡的亞特蘭蒂亞重現(xiàn)于世,擁有雙翼的「墮天翅族」蘇醒了。他們將生物機(jī)械兵器「神話獸」接連送入人類的都市,捕獲人類,攝取生體能源「Purana」。另一方面,人類決心反擊,從海底遺跡發(fā)掘?qū)缛_組合(hybrid)戰(zhàn)斗機(jī)「VectorMachine」。這是1萬2千年前,將墮天翅族逼入滅亡絕境的傳說中的兵器。VectorMachine經(jīng)過合體,「機(jī)械天使Aquarion」即將現(xiàn)身。要啟動(dòng)Aquarion,需要能與機(jī)體的機(jī)械生命感應(yīng)和共鳴,稱為「Element」的人。這要求特別敏銳的五感和純真的靈魂,因此十五歲左右的少年少女們被選為機(jī)師,集中起來。而后,「機(jī)械天使Aquarion」合體的時(shí)刻終于到來…