四個(gè)情同手足的烏龜少年一直生活在隱秘的下水道中，在師父（成龍配音）的訓(xùn)練下，他們成為了功夫高超的“忍者神龜”，渴望被人類(lèi)接納的四小只，在人類(lèi)朋友艾普的幫助下，開(kāi)始追蹤一個(gè)神秘的犯罪集團(tuán)，但隨著一支強(qiáng)大變種生物軍隊(duì)的降臨，同樣屬于變種生物的忍者神龜們知道，這下大麻煩來(lái)了……